1980年，邱毅从台湾大学获得经济学硕士学位，八年后又取得了经济学博士学位，之后他赴美国康奈尔大学进行博士后研究。学成归国后，邱毅并未立刻进入政坛，而是先在敦仁插大补习班担任经济学教师。后来，他创办了“陈伟补习班”，这个名字的由来是因为当时邱毅以“程伟”的化名任教，值得一提的是，他的第二任妻子——谢京睿，正是这个补习班的另一位合伙人。
邱毅的感情生活也充满了波折。早在读博期间，邱毅就经历了一段婚姻，他的第一任妻子姓夏，两人于1982年结婚，但十年后因性格不合而于1993年离婚。离婚后不久，邱毅便与谢京睿结婚，但这段婚姻的背后充满了更多的争议。谢京睿比邱毅年轻十多岁，且两人曾是师生关系。实际上，在邱毅与第一任妻子还未正式离婚前，邱毅与谢京睿已经有了长达五年的地下恋情，甚至可以说邱毅在婚内出轨。这一段不光彩的历史成为了他日后遭到攻击的把柄，也对他与谢京睿的婚姻造成了不可逆的伤害。
1994年，邱毅与谢京睿结婚后不久，台湾省首次开放省长选举，邱毅作为中华社会民主党党魁朱高正的“幕僚”，开始频繁出现在公众视野。此后，邱毅成为了宋楚瑜竞选的发言人，并随着亲民党的成立加入了该党。在亲民党的几次选举活动中，邱毅都是积极的奔走者，逐渐从一个学者转变为活跃的政治人物。
2004年3月19日，台湾地区的领导人大选前夕，发生了震惊全岛的“三一九枪击事件”。作为泛蓝阵营的一员，邱毅在事件发生后积极领导支持者要求法院对选举进行复查，并公开质疑此事件可能是陈水扁一手策划的政治阴谋。邱毅的言辞激烈，并且亲自指挥抗议者闯入法院，事件过程中导致多名警员受伤，场面极为混乱。由于此事，邱毅迅速在岛内树立了“倒扁斗士”的形象，但也因此付出了被判刑一年零两个月的代价。
2005年，邱毅宣布退出亲民党，加入了国民党。在此之后，他频繁出现在岛内的时政评论节目中，并在2005年揭发了时任总统府副秘书长陈哲男涉嫌非法接受招待的丑闻。此爆料引起了巨大的政治风波，最终导致谢长廷与陈水扁的同盟关系破裂，并使民进党在当年的地方选举中遭遇失利。
2006年，邱毅再次揭露了陈水扁女婿赵建铭涉嫌内幕交易的丑闻，导致陈水扁家族的公信力严重下降，也进一步加剧了岛内的政治对立。早在2004年，邱毅因为“三一九枪击案”的事件被定罪入狱服刑，且在入狱之前与第二任妻子谢京睿宣布离婚。
关于二人离婚的原因，岛内媒体进行了多次报道。谢京睿曾透露，邱毅自从“三一九枪击案”后，成为陈水扁及其支持者的攻击对象，而台湾的政治环境常常采用恶性手段，类似网络暴力，攻击者甚至翻出了邱毅与谢京睿的婚外情，令他身陷舆论风暴。最终，邱毅与谢京睿的婚姻走向终结。
两人离婚后，邱毅的生活并没有一蹶不振，而是继续在政坛发声，并且在大陆与台湾之间频繁往返，致力于推动两岸民间的交流与沟通。如今，已经年近七十的邱毅不再像当年那般锋芒毕露，而是趋向平和与理性。
尽管邱毅在台湾岛内的形象依旧充满争议，但在大陆民众眼中，他仍是一位名副其实的“爱国斗士”。他开通大陆社交平台账号后，粉丝数量逐渐攀升，得到了越来越多的关注。如今，两岸关系已经进入了一个新的阶段，台湾需要更多像邱毅这样的“斗士”出现，毕竟一个中国的原则是永远不会改变的。
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